Výzkumná skupina biomarkerů

Výzkumná skupina se v rámci svého působení zaměřuje na hledání nových biomarkerů a na vývoj nových sensorů a biosenzorů s využitím nanomateriálů optických a elektrochemických metod. Získané poznatky jsou následně publikovány, transferovány do praxe nebo aplikovány v rámci provádění výzkumné zakázkové činnosti. Toto vše platí zejména v oblasti bioanalýzy, návrhu prototypů bioanalytických zařízení či nových přístupů.

Výzkumná skupina biomarkerů

 


doc. RNDr. Ondřej Zítka, Ph.D.

Vedoucí výzkumné skupiny biomarkerů a biosenzorů
Akademický pracovník – docent


Telefon: +420 545 133 285
Adresa pracoviště: ÚCB AF, Zemědělská 1, 61300 Brno – Budova D
Označení kanceláře: BA02N2004
E-mail: ondrej.zitka@mendelu.cz
Researcher ID: E-1107-2012
ORCID: 0000-0001-7607-5058
Scopus ID: 14012648400


Členové týmu

Vypsaná témata disertačních prací

  • Průtokové systémy s elektrochemickou detekcí pro analýzu biomolekul
  • Prostorové mapování proteinů v živočišné tkáni s využitím MALDI MSI
  • Elektrochemické biosenzory využívajících nanotechnologie pro analýzu biomolekul

Média

Projekty

  • TAČR TREND: Výzkum a vývoj inovativních řešení v laboratorní diagnostice (FW01010202)
  • TAČR TREND: Vývoj nových laboratorních testů pro diagnostiku zánětu, sepse a kardiovaskulárních onemocnění na principu chemiluminiscenční analýzy na automatizovaných platformách (FW01010052)
  • GAČR: Portable Point-of-Care Platform Based on Lock-in Amplifier
  •  Bezpečnostní výzkum MVČR: Velmi rychlý přenosný systém pro detekci SARS-CoV-2. 01/2021 – 12/2022

Publikace

 

  • PERIS-DIAZ, M. D.; GURAN, R.; DOMENE, C.; DE LOS RIOS, V.; ZITKA, O.; ADAM, V.; KREZEL, A. An Integrated Mass Spectrometry and Molecular Dynamics Simulations Approach Reveals the Spatial Organization Impact of Metal-Binding Sites on the Stability of Metal-Depleted Metallothionein-2 Species. J Am Chem Soc., 2021, vol. 143 p. 16486-16501. ISSN 1520-5126. IF 15.419
  • BEZDEKOVA, A.; VODOVA, M.; DOLEZELIKOVA, K.; ZITKA, J.; SMERKOVA, K.; ZITKA, O.; ADAM, V.; VACULOVICOVA, M. Detection of microbial contamination based on uracil-selective synthetic receptors. Talanta, 2021, vol. 224. p. 1-7. ISSN 0039-9140. IF 6.057
  • ZHANG, H.; PAJER, P.; KUDR, J.; ZITKA, O.; NEUZIL, P. Design considerations for point-of-need devices based on nucleic acid amplification for COVID-19 diagnostics and beyond. Biotechniques, 2021, vol. 71. p. 1-5. ISSN 0736-6205. clanek IF 1.993
  • KUDR, J.; MICHALEK, P.; ADAM, V.; ZITKA, O. COVID-19: A challenge for electrochemical biosensors. TRAC-Trends Anal. Chem., 2021, vol. 136. p. 1-9. ISSN 0165-9936. IF 12.296
  • PERIS-DIAZ, M. D.; GURAN, R.; ZITKA, O.; ADAM, V.; KREZEL, A. Mass spectrometry-based structural analysis of cysteine-rich metal-binding sites in proteins with MetaOdysseus R software. J. Proteome Res., 2021, vol. 20. p. 776-785. ISSN 1535-3893. IF 4.466
  • Strmiska, V.; Michalek, P.; Lackova, Z.; Guran, R.; Krizkova, S.; Vanickova, L.; Zitka, O.; Stiborova, M.; Eckschlager, T.; Klejdus, B.; Pacik, D.; Tvrdikova, E.; Keil, C.; Haase, H.; Adam, V.; Heger, Z.; Sarcosine is a prostate epigenetic modifier that elicits aberrant methylation patterns through the SAMe-Dnmts axis. Mol. Oncol. 2019, 13, 1002-1017. DOI: 10.1002/1878-0261.12439.
  • Skubalova, Z.; Michalkova, H.; Michalek, P.; Strmiska, V.; Guran, R.; Merlos, M. A. R.; Castkova, K.; Hynek, D.; Pekarik, V.; Zitka, O.; Adam, V.; Heger, Z.; Prevalent anatase crystalline phase increases the cytotoxicity of biphasic titanium dioxide nanoparticles in mammalian cells. Colloid Surf. B-Biointerfaces 2019, 182, 1-10. DOI: 1.
  • Vanickova, L.; Guran, R.; Kollar, S.; Emri, G.; Krizkova, S.; Do, T.; Heger, Z.; Zitka, O.; Adam, V.; Mass spectrometric imaging of cysteine rich proteins in human skin. Int. J. Biol. Macromol. 2019, 125, 270-277. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2018.11.272.
  • Bacova, R.; Klejdus, B.; Ryant, P.; Cernei, N.; Adam, V.; Huska, D.; The effects of 5-azacytidine and cadmium on global 5-methylcytosine content and secondary metabolites in the freshwater microalgae Chlamydomonas reinhardtii and Scenedesmus quadricauda. J. Phycol. 2019, 55, 329-342. DOI: 10.1111/jpy.12819.
  • Horky, P.; Skalickova, S.; Urbankova, L.; Baholet, D.; Kociova, S.; Bytesnikova, Z.; Kabourkova, E.; Lackova, Z.; Cernei, N.; Gagic, M.; Milosavljevic, V.; Smolikova, V.; Vaclavkova, E.; Nevrkla, P.; Knot, P.; Krystofova, O.; Hynek, D.; Kopel, P.; Skladanka, J.; Adam, V.; Smerkova, K.; Zinc phosphate-based nanoparticles as a novel antibacterial agent: in vivo study on rats after dietary exposure. J. Anim. Sci. Biotechnol. 2019, 10, 1-12. DOI: 10.1186/s40104-019-0319-8.
  • Michalkova, H.; Strmiska, V.; Kudr, J.; Skubalova, Z.; Tesarova, B.; Svec, P.; Richtera, L.; Zitka, O.; Adam, V.; Heger, Z.; Tuning the surface coating of IONs towards efficient sonochemical tethering and sustained liberation of topoisomerase II poisons. Int. J. Nanomed. 2019, 14, 7609. DOI: 10.2147/IJN.S208810.
  • Vsiansky; Svobodova; Gumulec; Cernei, N.; Sterbova, D.; Zitka, O.; Kostrica, R.; Smilek; Plzak; Betka; Kalfert; Masarik, M.; Raudenska, M.; Prognostic significance of serum free amino acids in head and neck cancers. Cells 2019, 8, 1-12. DOI: 10.3390/cells8050428.
  • Kudr, J.; Adam, V.; Zitka, O.; Fabrication of graphene/molybdenum disulfide composites and their usage as actuators for electrochemical sensors and biosensors. Molecules 2019, 24, 1-14. DOI: 10.3390/molecules24183374.
  • Sur, V. P.; Kominkova, M.; Buchtova, Z.; Dolezelikova, K.; Zitka, O.; Moulick, A.; CdSe QD biosynthesis in yeast using tryptone-enriched media and their conjugation with a peptide hecate for bacterial detection and killing. Nanomaterials 2019, 9, 1-15. DOI: 10.3390/nano9101463.
  • Gumulec, J.; Raudenska, M.; Pacik, D.; Plevova, M.; Sorokac-Kubolkova, A.; Lackova, Z.; Cernei, N.; Strmiska, V.; Zitka, O.; Heger, Z.; Adam, V.; Post- treatment urinary sarcosine as a predictor of recurrent relapses in patients with prostate cancer. Cancer Med. 2018, 7, 5411-5419. DOI: 10.1002/cam4.1767.
  • Zitka, O.; Kudr, J.; Labuda, J.; Xhaxhiu, K.; Adam, V.; Separation of Nucleobases Using High-Performance Liquid Chromatography Coupled with Voltammetric Scanning. Electroanalysis 2018, 30, 1857-1861. DOI: 10.1002/elan.201800175.
  • Vaneckova, T.; Smerkova, K.; Zitka, J.; Hynek, D.; Zitka, O.; Hlavacek, A.; Foret, F.; Adam, V.; Vaculovicova, M.; Upconversion nanoparticle bioconjugates characterized by capillary electrophoresis. Electrophoresis 2018, 39, 2246-2252. DOI: 10.1002/elps.201700483.
  • Zdrazil, L.; Zahradnicek, R.; Mohan, R.; Sedlacek, P.; Nejdl, L.; Schmiedova, V.; Pospisil, J.; Horak, M.; Weiter, M.; Zmeskal, O.; Hubalek, J.; Preparation of graphene quantum dots through liquid phase exfoliation method. J. Lumines. 2018, 204, 203-208. DOI: 10.1016/j.jlumin.2018.08.017.
  • Kudr, J.; Klejdus, B.; Adam, V.; Zitka, O.; Magnetic solids in electrochemical analysis. TRAC-Trends Anal. Chem. 2018, 98, 104-113. DOI: 10.1016/j.trac.2017.10.023.
  • Milosavljevic, V.; Haddad, Y.; Moulick, A.; Buchtelova, H.; Guran, R.; Pospisil, T.; Stokowa-So; Heger, Z.; Richtera, L.; Kopel, P.; Adam, V.; Functional analysis of novicidin peptide: Coordinated delivery system for zinc via Schiff base ligand. Bioconjugate Chem. 2018, 29, 2954. DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.8b00370.
  • Pacik, D.; Plevova, M.; Urbanova, L.; Lackova, Z.; Strmiska, V.; Necas, A.; Heger, Z.; Adam, V.; Identification of sarcosine as a target molecule for the canine olfactory detection of prostate carcinoma. Sci. Rep. 2018, 8, 1-5. DOI: 10.1038/s41598-018-23072-4.
  • Jelinkova, P.; Splichal, Z.; Jimenez Jimenez, A. M.; Haddad, Y.; Mazumdar, A.; Sur, V. P.; Milosavljevic, V.; Kopel, P.; Buchtelova, H.; Guran, R.; Zitka, O.; Richtera, L.; Hegerova, D.; Heger, Z.; Moulick, A.; Adam, V.; Novel vancomycin–peptide conjugate as potent antibacterial agent against vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. Infect. Drug Resistance 2018, 2018, 1807. DOI: 10.2147/IDR.S160975.
  • Buchtova, Z.; Lackova, Z.; Kudr, J.; Zitka, Z.; Skoda, J.; Zitka, O.; Capillary blood GSH level monitoring using electrochemical method adapted for micro volumes. Molecules 2018, 23, 1-10. DOI: 10.3390/molecules23102504.
  • Urbanova, L.; Horky, P.; Skladanka, J.; Pribilova, M.; Smolikova, V.; Nevrkla, P.; Cernei, N.; Lackova, Z.; Hedbavny, J.; Ridoskova, A.; Adam, V.; Kopel, P.; Antioxidant status of rats’ blood and liver affected by sodium selenite and selenium nanoparticles. PeerJ 2018, 6, 1-11. DOI: 10.7717/peerj.4862.
  • Duskova, K.; Vesely, S.; Silva, J. D.; Cernei, N.; Zitka, O.; Heger, Z.; Adam, V.; Havlova, K.; Babjuk, M.; Differences in Urinary Amino Acid Patterns in Individuals with Different Types of Urological Tumor Urinary Amino Acid Patterns as Markers of Urological Tumors. In Vivo 2018, 32, 425-429. DOI: 10.21873/invivo.11257.