Výzkumná skupina biomarkerů

Výzkumní pracovníci s úvazkem:

Ing. Jiří Kudr, Ph.D.
Mgr. Natália Cernei, Ph.D.
Mgr. Roman Guráň, Ph.D.

Doktorandi:

Ing. Karel Snášel
Ing. Lada Ilieva (roz. Šmídová ) (mateřská dovolená)
Ing. Petra Stejskalová (roz. Vopařilová)
Ing. Silvia Vaculčiaková
Ing. Tomáš Do
Ing. Jan Příborský

Pregraduálové:

Bc. Adéla Bajková
Bc. Adéla Pojezná
Bc. Karolína Majkusová
Bc. Lucie Komárková
Bc. Michaela Heinzka
Bc. Michaela Bojanovská
Bc. Tereza Krupicová
Bc. Vojtěch Šlampa
Anežka Svobodová
Jiří Horáček
Lucie Zajícová
Natálie Kobylíková
Tereza Novotná

Vypsaná témata disertačních prací

• Průtokové systémy s elektrochemickou detekcí pro analýzu biomolekul
• Prostorové mapování proteinů v živočišné tkáni s využitím MALDI MSI
• Elektrochemické biosenzory využívajících nanotechnologie pro analýzu biomolekul

Média

• Budoucnost v diagnostice patří biosenzorům, jsou ale nákladné na vývoj
• Rozbor vzorků krve přímo v ordinaci. Brněnští vědci vyvíjí přenosnou laboratoř

Projekty

• 2023-2025: FW01010052, APLIKACE v oblasti moderních imunodiagnostických
  technologií, spoluřešitel, dotace 15 000 tis. Kč
• 2023-2028: TN02000017, TAČR Národní Centrum Biotechnologií ve Veterinární
  Medicíně (NACeBiVet). Řešitel dílčího projektu – Vývoj veterinární diagnostické
  platformy Point-of-Need pro detekci patogenů s využitím LAMP technologie, dotace
  8 700 tis. Kč
• 2022: TAČR GAMA2 (TP1010018), Protokol pro magnetickou izolaci nukleových
  kyselin z biologického vzorku, řešitel dílčího projektu dotace 800 tis. Kč
• 2021-2022: Bezpečnostní výzkum, MVČR (VI04000057), Velmi rychlý přenosný
  systém pro detekci SARS-CoV-2“. Spoluřešitel, dotace 14 700 tis. Kč
• 2020-2023: TAČR TREND (FW01010052), Vývoj nových laboratorních testů pro
  diagnostiku zánětu, sepse a kardiovaskulárních onemocnění na principu
  chemiluminiscenční analýzy na automatizovaných platformách, spoluřešitel,
  dotace 21 800 tis. Kč
• 2020-2022: TAČR TREND (FW01010202), Výzkum a vývoj inovativních řešení v
  laboratorní diagnostic, spoluřešitel, dotace 14 900 tis. Kč
• 2020/2022: GAČR (20-30129Y), Přenosná platforma Point-of-Care založená na Lock-
  in zesilovači, spoluřešitel, dotace 3 000 tis. Kč
• 2019-2020: SME Instrument Brno, “CLIA analyzátor pro point of care diagnostiku”,
  řešitel za NANTEO s.r.o., dotace 1 100 tis Kč.
•  2018-2020: TAČR Zeta (TJ01000311), Automatizovaný elektrochemický analyzátor
  kapalných vzorků využívající jednorázové elektrody, Klíčový pracovník – mentor,
  dotace 2 000 tis. Kč

Publikace

• DO, T., VACULCIAKOVA, S., KLUSKA, K., PERIS-DIAZ, M. D., PRIBORSKY, J., GURAN, R., KREZEL, A., ADAM, V. & ZITKA, O. 2024. Antioxidant-related enzymes and peptides as biomarkers of metallic nanoparticles (eco)toxicity in the aquatic environment. Chemosphere, 364, 1-40.
• HASSO, M., KUDR, J., ZITKA, J., SILENY, J., SVEC, P., SVORC, Ľ. & ZITKA, O. 2024. Proving the automatic benchtop electrochemical station for the development of dopamine and paracetamol sensors. Microchimica Acta, 191, 1-12.
• NDREKA, X., ISAK, N., XHAXHIU, K., KUDR, J., ZITKA, O., FARRUKU, M. & BARAJ, B. 2024. Electrochemical determination of wine polyphenols using carbon electrodes: A review. Electroanalysis, 36, 1-16.
• SUN, A., VOPARILOVA, P., LIU, X., KOU, B., REZNICEK, T., LEDNICKY, T., NI, S., KUDR, J., ZITKA, O., FOHLEROVA, Z., PAJER, P., ZHANG, H. & NEUZIL, P. 2024. An integrated microfluidic platform for nucleic acid testing. Microsystems & Nanoengineering, 10, 1-14.
• KRATOCHVILOVA, M., STEPKA, P., RAUDENSKA, M., BALVAN, J., RICHTERA, L., CERNEI, N., STERBOVA, D., ZITKA, O., FILIPENSKY, P., BABULA, P. & MASARIK, M. 2024. Short-term autophagy inhibition by autophinib or SAR405 does not alter the effect of cisplatin on ATP production in prostate cancer cells. Bratisl. Med. J.-Bratisl. Lek. Listy, 125, 84-91.

• HOFMANN, T., VISI-RAJCZI, E., VACULCIAKOVA, S., GURAN, R., VOBERKOVA, S., VRSANSKA, M., ZITKA, O. & ALBERT, L. 2023. Direct microwave treatment enhances antioxidant and antibacterial properties of the seed extracts of Kékfrankos grapes. Heliyon, 9, 1-14.

• XHAXHIU, K., ASHRAFI, A., DVORAK, M., MUKHERJEE, A., GURAN, R., ZITKA, O. & RICHTERA, L. 2023. Total flavonoid content in plant derived beverages determined by extractive stripping voltammetry. Results in Chemistry, 5, 1-11.
• BODLAKOVA, K., CERNY, J., STERBOVA, H., GURAN, R., ZITKA, O. & KODRIK, D. 2022. Insect body defence reactions against bee venom: Do adipokinetic hormones play a role? Toxins, 14, 1-18.
• DO, T., GURAN, R., ADAM, V. & ZITKA, O. 2022. Use of MALDI-TOF mass spectrometry for virus identification: a review. Analyst, 147, 3131-3154.
• HOFMANN, T., GURAN, R., ZITKA, O., VISI-RAJCZI, E. & ALBERT, L. 2022. Liquid chromatographic/mass spectrometric study on the role of beech (Fagus sylvatica L.) wood polyphenols in red heartwood formation. Forests, 13, 1-16.
• MITREVSKA, K., CERNEI, N., MICHALKOVA, H., MERLOS RODRIGO, M. A., SIVAK, L., HEGER, Z., ZITKA, O., KOPEL, P., ADAM, V. & MILOSAVLJEVIC, V. 2022. Platinum-based drug-induced depletion of amino acids in the kidneys and liver. Front. Oncol., 2022, 1-20.
• VANICKOVA, L., DO, T., VEJVODOVA, M., HORAK, V., HUBALEK, M., EMRI, G., ZEMANKOVA, K., PAVELICOVA, K., KRIZKOVA, S., FALTUSOVA, V., POMPEIANO, A., VACULOVICOVA, M., ZITKA, O., VACULOVIC, T. & ADAM, V. 2022. Mapping of MeLiM melanoma combining ICP-MS and MALDI-MSI methods. Int. J. Biol. Macromol., 203, 583-592.
• ZITKA, J., SILENY, J., KUDR, J., KOUDELKOVA, Z., ILIEVA, L., RICHTERA, L., SYROVY, T., ADAM, V. & ZITKA, O. 2022. Fully automated station for testing, characterizing and modifying screen-printed electrodes. Anal. Methods, 14, 3824-3830.
• PERIS-DIAZ, M. D.; GURAN, R.; DOMENE, C.; DE LOS RIOS, V.; ZITKA, O.; ADAM, V.; KREZEL, A. An Integrated Mass Spectrometry and Molecular Dynamics Simulations Approach Reveals the Spatial Organization Impact of Metal-Binding Sites on the Stability of Metal-Depleted Metallothionein-2 Species. J Am Chem Soc., 2021, vol. 143 p. 16486-16501. ISSN 1520-5126. IF 15.419
• BEZDEKOVA, A.; VODOVA, M.; DOLEZELIKOVA, K.; ZITKA, J.; SMERKOVA, K.; ZITKA, O.; ADAM, V.; VACULOVICOVA, M. Detection of microbial contamination based on uracil-selective synthetic receptors. Talanta, 2021, vol. 224. p. 1-7. ISSN 0039-9140. IF 6.057
• ZHANG, H.; PAJER, P.; KUDR, J.; ZITKA, O.; NEUZIL, P. Design considerations for point-of-need devices based on nucleic acid amplification for COVID-19 diagnostics and beyond. Biotechniques, 2021, vol. 71. p. 1-5. ISSN 0736-6205. clanek IF 1.993
• KUDR, J.; MICHALEK, P.; ADAM, V.; ZITKA, O. COVID-19: A challenge for electrochemical biosensors. TRAC-Trends Anal. Chem., 2021, vol. 136. p. 1-9. ISSN 0165-9936. IF 12.296
• PERIS-DIAZ, M. D.; GURAN, R.; ZITKA, O.; ADAM, V.; KREZEL, A. Mass spectrometry-based structural analysis of cysteine-rich metal-binding sites in proteins with MetaOdysseus R software. J. Proteome Res., 2021, vol. 20. p. 776-785. ISSN 1535-3893. IF 4.466
• Strmiska, V.; Michalek, P.; Lackova, Z.; Guran, R.; Krizkova, S.; Vanickova, L.; Zitka, O.; Stiborova, M.; Eckschlager, T.; Klejdus, B.; Pacik, D.; Tvrdikova, E.; Keil, C.; Haase, H.; Adam, V.; Heger, Z.; Sarcosine is a prostate epigenetic modifier that elicits aberrant methylation patterns through the SAMe-Dnmts axis. Mol. Oncol. 2019, 13, 1002-1017. DOI: 10.1002/1878-0261.12439.
• Skubalova, Z.; Michalkova, H.; Michalek, P.; Strmiska, V.; Guran, R.; Merlos, M. A. R.; Castkova, K.; Hynek, D.; Pekarik, V.; Zitka, O.; Adam, V.; Heger, Z.; Prevalent anatase crystalline phase increases the cytotoxicity of biphasic titanium dioxide nanoparticles in mammalian cells. Colloid Surf. B-Biointerfaces 2019, 182, 1-10. DOI: 1.
• Vanickova, L.; Guran, R.; Kollar, S.; Emri, G.; Krizkova, S.; Do, T.; Heger, Z.; Zitka, O.; Adam, V.; Mass spectrometric imaging of cysteine rich proteins in human skin. Int. J. Biol. Macromol. 2019, 125, 270-277. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2018.11.272.
• Bacova, R.; Klejdus, B.; Ryant, P.; Cernei, N.; Adam, V.; Huska, D.; The effects of 5-azacytidine and cadmium on global 5-methylcytosine content and secondary metabolites in the freshwater microalgae Chlamydomonas reinhardtii and Scenedesmus quadricauda. J. Phycol. 2019, 55, 329-342. DOI: 10.1111/jpy.12819.
• Horky, P.; Skalickova, S.; Urbankova, L.; Baholet, D.; Kociova, S.; Bytesnikova, Z.; Kabourkova, E.; Lackova, Z.; Cernei, N.; Gagic, M.; Milosavljevic, V.; Smolikova, V.; Vaclavkova, E.; Nevrkla, P.; Knot, P.; Krystofova, O.; Hynek, D.; Kopel, P.; Skladanka, J.; Adam, V.; Smerkova, K.; Zinc phosphate-based nanoparticles as a novel antibacterial agent: in vivo study on rats after dietary exposure. J. Anim. Sci. Biotechnol. 2019, 10, 1-12. DOI: 10.1186/s40104-019-0319-8.
• Michalkova, H.; Strmiska, V.; Kudr, J.; Skubalova, Z.; Tesarova, B.; Svec, P.; Richtera, L.; Zitka, O.; Adam, V.; Heger, Z.; Tuning the surface coating of IONs towards efficient sonochemical tethering and sustained liberation of topoisomerase II poisons. Int. J. Nanomed. 2019, 14, 7609. DOI: 10.2147/IJN.S208810.
• Vsiansky; Svobodova; Gumulec; Cernei, N.; Sterbova, D.; Zitka, O.; Kostrica, R.; Smilek; Plzak; Betka; Kalfert; Masarik, M.; Raudenska, M.; Prognostic significance of serum free amino acids in head and neck cancers. Cells 2019, 8, 1-12. DOI: 10.3390/cells8050428.
• Kudr, J.; Adam, V.; Zitka, O.; Fabrication of graphene/molybdenum disulfide composites and their usage as actuators for electrochemical sensors and biosensors. Molecules 2019, 24, 1-14. DOI: 10.3390/molecules24183374.
• Sur, V. P.; Kominkova, M.; Buchtova, Z.; Dolezelikova, K.; Zitka, O.; Moulick, A.; CdSe QD biosynthesis in yeast using tryptone-enriched media and their conjugation with a peptide hecate for bacterial detection and killing. Nanomaterials 2019, 9, 1-15. DOI: 10.3390/nano9101463.
• Gumulec, J.; Raudenska, M.; Pacik, D.; Plevova, M.; Sorokac-Kubolkova, A.; Lackova, Z.; Cernei, N.; Strmiska, V.; Zitka, O.; Heger, Z.; Adam, V.; Post- treatment urinary sarcosine as a predictor of recurrent relapses in patients with prostate cancer. Cancer Med. 2018, 7, 5411-5419. DOI: 10.1002/cam4.1767.
• Zitka, O.; Kudr, J.; Labuda, J.; Xhaxhiu, K.; Adam, V.; Separation of Nucleobases Using High-Performance Liquid Chromatography Coupled with Voltammetric Scanning. Electroanalysis 2018, 30, 1857-1861. DOI: 10.1002/elan.201800175.
• Vaneckova, T.; Smerkova, K.; Zitka, J.; Hynek, D.; Zitka, O.; Hlavacek, A.; Foret, F.; Adam, V.; Vaculovicova, M.; Upconversion nanoparticle bioconjugates characterized by capillary electrophoresis. Electrophoresis 2018, 39, 2246-2252. DOI: 10.1002/elps.201700483.
• Zdrazil, L.; Zahradnicek, R.; Mohan, R.; Sedlacek, P.; Nejdl, L.; Schmiedova, V.; Pospisil, J.; Horak, M.; Weiter, M.; Zmeskal, O.; Hubalek, J.; Preparation of graphene quantum dots through liquid phase exfoliation method. J. Lumines. 2018, 204, 203-208. DOI: 10.1016/j.jlumin.2018.08.017.
• Kudr, J.; Klejdus, B.; Adam, V.; Zitka, O.; Magnetic solids in electrochemical analysis. TRAC-Trends Anal. Chem. 2018, 98, 104-113. DOI: 10.1016/j.trac.2017.10.023.
• Milosavljevic, V.; Haddad, Y.; Moulick, A.; Buchtelova, H.; Guran, R.; Pospisil, T.; Stokowa-So; Heger, Z.; Richtera, L.; Kopel, P.; Adam, V.; Functional analysis of novicidin peptide: Coordinated delivery system for zinc via Schiff base ligand. Bioconjugate Chem. 2018, 29, 2954. DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.8b00370.
• Pacik, D.; Plevova, M.; Urbanova, L.; Lackova, Z.; Strmiska, V.; Necas, A.; Heger, Z.; Adam, V.; Identification of sarcosine as a target molecule for the canine olfactory detection of prostate carcinoma. Sci. Rep. 2018, 8, 1-5. DOI: 10.1038/s41598-018-23072-4.
• Jelinkova, P.; Splichal, Z.; Jimenez Jimenez, A. M.; Haddad, Y.; Mazumdar, A.; Sur, V. P.; Milosavljevic, V.; Kopel, P.; Buchtelova, H.; Guran, R.; Zitka, O.; Richtera, L.; Hegerova, D.; Heger, Z.; Moulick, A.; Adam, V.; Novel vancomycin–peptide conjugate as potent antibacterial agent against vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. Infect. Drug Resistance 2018, 2018, 1807. DOI: 10.2147/IDR.S160975.
• Buchtova, Z.; Lackova, Z.; Kudr, J.; Zitka, Z.; Skoda, J.; Zitka, O.; Capillary blood GSH level monitoring using electrochemical method adapted for micro volumes. Molecules 2018, 23, 1-10. DOI: 10.3390/molecules23102504.
• Urbanova, L.; Horky, P.; Skladanka, J.; Pribilova, M.; Smolikova, V.; Nevrkla, P.; Cernei, N.; Lackova, Z.; Hedbavny, J.; Ridoskova, A.; Adam, V.; Kopel, P.; Antioxidant status of rats’ blood and liver affected by sodium selenite and selenium nanoparticles. PeerJ 2018, 6, 1-11. DOI: 10.7717/peerj.4862.
• Duskova, K.; Vesely, S.; Silva, J. D.; Cernei, N.; Zitka, O.; Heger, Z.; Adam, V.; Havlova, K.; Babjuk, M.; Differences in Urinary Amino Acid Patterns in Individuals with Different Types of Urological Tumor Urinary Amino Acid Patterns as Markers of Urological Tumors. In Vivo 2018, 32, 425-429. DOI: 10.21873/invivo.11257.